Joskus on tärkeää saada näytepala sydänlihaksesta mikroskooppitutkimukseen. Näin on epäiltäessä vakavia sydänlihassairauksia (esimerkiksi jättisolumyokardiitti, sarkoidoosi, amyloidoosi, hemokromatoosi). Sydämensiirron jälkeen näytepaloja otetaan rutiininomaisesti hyljinnän toteamiseksi.
Näytepala otetaan laskimoteitse oikean kammion sisäkalvosta ja lihaksesta (siitä nimitys endomyocardial biopsy, EMB). Kaulalaskimon kautta kammioon viedään erikoisrakenteinen näytteenottokatetri, bioptomi. Sen kärjessä on avautuvat ja sulkeutuvat leuat, jotka "haukkaavat" nuppineulanpään kokoisia paloja. Ultraäänellä varmistetaan, että näytteenottokohta on turvallinen ja röntgenläpivalaisussa nähdään, mitä ollaan tekemässä. Näytteitä otetaan tarpeen mukaan 4-10 kappaletta. Harvoin bioptomi läpäisee oikean kammion vapaan seinämän (näytteet pyritään ottamaan kammioiden väliseinästä, joka on paksu eikä voi puhjeta toimenpiteessä), jolloin syntyy verenvuoto sydänpussiin ja hätätilanne.
Harvemmin näyte otetaan vasemmasta kammiosta, jos magneetti- tai PET-tutkimus osoittaa, että läiskäinen sydänlihassairaus sijaitsee sen seinämässä.
