Tietokonekerroskuvauksen (-tomografian) laitteiden kehitys on tehnyt mahdolliseksi nähdä sepelvaltimot monessa tapauksessa riittävän tarkasti ahtaumien toteamiseksi. Etuna on tutkimuksen nopeus sekä se, että valtimopistoa ei tarvita. Varjoaine annetaan laskimoon. Kuvaus tehdään yhden hengityspidätyksen aikana. Tutkimusta ei voi tehdä, jos sydämessä on paljon rytmihäiriöitä tai jos tiheää sykettä ei lääkkeellä saada rauhoitetuksi. Muita esteitä voivat olla varjoaineallergia ja munuaisten vajaatoiminta.
Tietokonetomografia on osuvin sepelvaltimotaudin lievissä muodoissa. Se on siis parhaimmillaan, kun halutaan sulkea pois merkittävät ahtaumat. Tutkimusta ei kannata tehdä, jos sepelvaltimotaudin todennäköisyys on suuri, varsinkaan jos tutkittavalla on diabetes tai munuaissairaus. Tällöin näet sepelvaltimoiden seinämissä on usein runsaasti kalkkia. Kalkkiutumat haittaavat näkyvyyttä, vaikka ne eivät välttämättä merkittävästi haittaa verenvirtausta suonessa.
Kalkkiutumien laajuus voidaan arvioida pisteytyksellä ("Agatston-score"), joka voidaan tehdä tietokonevarjoainekuvauksen yhteydessä tai antamatta varjoainetta. Oireettomilla henkilöillä kalkkipisteet ennustavat sairastumisen riskiä. Riski on pieni, jos kalkkia ei ole lainkaan, ja melko pieni myös silloin, kun pisteitä on alle sata. 100-400 pistettä merkitsee kohtalaista ja yli 400 pistettä suurta riskiä. Menetelmä ei Suomessa ole laajassa käytössä.
Tietokonetomografialla voidaan tutkia sydänpussin sairauksia sekä nähdä sydämen sisäisiä verihyytymiä ja kasvaimia. Se on erittäin hyödyllinen aortan sairauksissa (laajentuma eli aneurysma ja sisäkalvon repeytymä eli dissekoituma). Tietokonetomografia on ensisijainen menetelmä epäiltäessä keuhkoveritulppaa eli -emboliaa.
